中国科学技术大学的王牌专业包括：
物理学：
被评为A+学科，是中国科学技术大学最好的专业之一，物理学院在国际上享有很高的声誉，特别是在粒子物理与原子核物理、凝聚态物理等专业在国内处于领先地位。
化学：
化学专业也被评为A+学科，是中国科学技术大学的强项专业之一。
数学与应用数学：
该专业在国内乃至全球都享有很高的声誉，数学系培养出了许多著名的数学家，并在国际数学研究中取得了重要成果。
计算机科学与技术：
中科大在计算机科学领域有着很高的声誉，计算机科学与技术学院在国内外享有盛誉，该专业的排名在全球范围内都非常靠前。
生物科学：
生物科学专业被评为国家级特色专业，生物科学学院的科研和教学水平在国内外都有很高的影响力。
信息安全：
信息安全专业被评为国家级特色专业，是计算机科学与技术学科平台的重要组成部分。
核工程与核技术：
该专业入选国家级特色专业、国家级一流本科专业建设点，是中国科学技术大学“核科学与技术”学科平台的重要组成部分。
材料科学与工程：
材料科学与工程专业在国内知名，材料科学与工程学院在国内外享有盛誉，该专业的排名在全球范围内都非常靠前。
地球物理学：
地球物理学专业被评为国家级特色专业，推荐指数很高。
电子信息工程：
电子信息工程专业在国内知名，推荐指数很高。
自动化：
自动化专业教育质量非常高，师资力量强大，适合喜欢智能化技术的同学。
软件系统设计 与 嵌入式系统设计：
这两个专业也是中科大推荐的优秀专业。
这些专业均具有较高的教学水平和研究实力，建议根据个人兴趣和职业规划选择适合的专业。