南京的一本、二本、三本大学如下：
一本大学
1. 南京大学
2. 东南大学
3. 河海大学
4. 南京农业大学
5. 中国药科大学
6. 南京工程学院
7. 南京理工大学
8. 南京航空航天大学
9. 南京医科大学
10. 南京中医药大学
11. 南京财经大学
12. 南京审计学院
13. 南京艺术大学
二本大学
1. 南京师范大学
2. 南京工业大学
3. 南京邮电大学
4. 南京林业大学
5. 南京中医药大学
6. 南京信息工程大学
7. 南京艺术学院
8. 南京体育学院
9. 江苏警官学院
10. 南京晓庄学院
11. 金陵科技学院
12. 钟山学院
13. 南京审计大学（民办）
三本大学
1. 南京信息工程大学（民办）
2. 南京审计大学（民办）
3. 南京邮电大学（应用科学学院，民办）
4. 南京工业大学（浦江学院，民办）
5. 南京师范大学（中北学院，民办）
6. 南京航空航天大学（金城学院，民办）
7. 南京理工大学（紫金学院，民办）
8. 南京中医药大学（翰林学院，民办）
9. 南京财经大学（红山学院，民办）
10. 南京审计学院（金审学院，民办）
11. 南京晓庄学院行知学院（民办）
12. 金陵科技学院龙蟠学院（民办）
13. 南京医科大学康达学院（民办）
14. 南京工程学院康尼学院（民办）
15. 南京航天航空大学金城学院（民办）
16. 三江学院（民办）
建议：
一本大学：南京大学、东南大学、河海大学、南京农业大学、中国药科大学等，这些学校在学术实力、师资力量和就业前景方面都有较高水平。
二本大学：南京师范大学、南京工业大学、南京邮电大学、南京林业大学、南京中医药大学等，这些学校各有特色，适合不同专业的学生选择。
三本大学：南京信息工程大学、南京审计大学、南京邮电大学（应用科学学院）、南京工业大学（浦江学院）等，这些学校虽然为民办，但在某些专业领域具有较高声誉，就业情况也较好。