三本大学在当前高等教育体系中面临多方面的问题，主要包括以下几个方面：
社会认可度低
三本大学的学历认可度相对较低，很多企业和用人单位对其持有偏见，认为其本科含金量不如公办的一本和二本大学。
学费昂贵
三本大学一般为私立学校，学费较高，一般家庭难以承担，导致报考学生数量较少。
教学资源不足
三本大学通常教学经费投入不足，教学设施和师资力量较为匮乏，办学条件较差。
毕业生就业困难
由于学历层次模糊，三本大学毕业生的就业定位不清晰，面临来自本科和专科毕业生的竞争压力，就业难度较大。
管理难度较大
三本大学数量众多，管理难度较大，且设置与新时代人才培养需求不太匹配。
教育资源不匹配
三本大学在师资、教学设施等方面存在资源不匹配的问题，限制了其发展速度和质量。
学习氛围较差
由于生源质量等原因，三本大学的学习氛围通常不如一本和二本大学，学生缺乏学习动力和实践经验。
教材内容与社会需求脱节
三本高等医学院校的教材内容与社会需求不适应，编写理念也不符合应用型高级专门人才的培养要求。
思想政治教育问题
三本院校在思想政治教育方面存在重视不够、方法不当等问题，需要进一步加强和改进。
综上所述，三本大学在办学质量、社会认可度、教育资源、毕业生就业等方面都面临较大的挑战。为了提升其竞争力和发展前景，三本大学需要进行一系列的改革和调整，包括提高教学质量、优化专业设置、加强思想政治教育、改善学习氛围等。