二本三本大学合并的原因主要有以下几点：
优化高等教育资源配置：
合并二本和三本有利于扩大高校招生规模，使更多学生能够接受高等教育。这有助于提高教育质量和高校的办学效益。
促进教育公平：
合并二本和三本可以打破高校之间的界限，让学生根据自己的兴趣和特长选择适合自己的学校和专业。这有助于减轻学历歧视，提供更多平等的教育机会。
推动高校特色发展：
合并后，所有本科高校在同一批次竞争，有助于高校更好地发展自己的特色，提高教学质量。这样可以避免一些高校过度依赖批次划分来提升自己的地位，而更加注重自身的发展。
减少录取工作量：
合并二本和三本可以减少录取的工作量，简化录取流程，提高工作效率。
消除社会偏见：
合并二本和三本有助于消除社会对三本录取的高校毕业生的偏见，推动民办本科院校和独立学院的发展，促进高校毕业生平等就业。
推进高考招生制度改革：
合并二本和三本体现了国家改革的总体方向，有助于推进高考招生制度的改革，使高校和考生在更大范围内实现相互选择，促进教育公平和高校特色化办学。
综上所述，二本三本大学合并是为了优化高等教育资源配置，促进教育公平，推动高校特色发展，减少录取工作量，消除社会偏见，并推进高考招生制度的改革。