三本大学的管理主要涉及以下几个方面：
普通本科高校：
这类高校是由国家批准成立的，由教育部门直接管理。它们提供普通本科学历教育，并具备独立法人资格。
独立学院：
独立学院是由省级人民政府批准设立的本科高等教育机构，它们通常具有独立的法人资格，并在管理上相对独立。
独立学院（原三本）：
这类学院主要是指原来的三本院校，如师范类、语言类、体育类等。它们在转设为民办大学后，通常与举办方脱离关系，成为独立的民办普通二本高校。
地方政府或企业主办：
三本大学多数为商业性的经营模式，由投资商联合教育部门举办。因此，学校的资金主要来源于学生学费，而一本和二本学校则通常由地方财政和国家教育部联合财政补贴支持。
综上所述，三本大学的管理主要由国家教育部门、省级人民政府以及举办方（包括投资商和教育部门）共同负责。不过，具体管理细节可能因学校类型和举办方的不同而有所差异。