重庆的公办三本大学与公办二本大学的主要区别体现在以下几个方面：
办学性质
公办二本大学是由国家政府或地方政府资助创立和维持的大学，属于公立性质。
公办三本大学虽然也是公办，但通常是独立学院，由企业单位、社会团体和公民个人（私人老板）等主办，自负盈亏。
学费
公办二本大学的学费相对较低。
公办三本大学的学费较高，因为它们通常需要自负盈亏，且可能涉及中外合作办学。
招生批次
公办二本大学通常在第二批次招生。
公办三本大学通常在第三批次招生，但有些三本大学可能同时进行第二批次和第三批次的招生。
毕业证
公办二本大学颁发的是“本科毕业证书”。
公办三本大学颁发的是“独立学院证书”。
社会认可度
在同等条件下，人们通常认为公办大学比民办大学更具权威性和社会公认性。虽然这种看法可能随时间和社会观念的变化而变化，但公办大学在教育资源、师资力量和管理方面通常更有保障。
管理
公办大学的校长等管理层通常由组织部门派遣。
民办大学的管理层则可能由私人老板或社会团体担任，管理上相对自主。
建议
选择大学时，建议综合考虑学校的办学性质、学费、招生批次、毕业证以及社会认可度等因素。虽然公办三本大学在某些方面与公办二本大学存在差异，但如果能选择到一所优质的公办三本大学，其教育资源和师资力量仍然可以满足大部分学生的需求。同时，学生也可以考虑通过努力学习，争取获得双学位或转到公办二本大学学习，以提升自己的学历和竞争力。