金融工程的三本大学包括：
1. 北京工商大学嘉华学院
2. 南开大学滨海学院
3. 天津大学仁爱学院
4. 安徽财经大学商学院
5. 广东商学院华商学院
6. 福州大学至诚学院
7. 中山大学新华学院
8. 北京科技大学天津学院
9. 上海建桥学院
10. 福州外语外贸学院
11. 安徽师范大学皖江学院
12. 宁波大红鹰学院
13. 西南财经大学天府学院
14. 郑州升达经贸管理学院
15. 天津财经大学珠江学院
16. 江西财经大学现代经济管理学院
17. 北京师范大学珠海分校
18. 中南财经政法大学武汉学院
19. 东北财经大学津桥商学院
20. 哈尔滨德强商务学院
21. 山西大学商务学院
22. 南京财经大学红山学院
23. 南京审计学院金审学院
24. 浙江财经学院东方学院
25. 集美大学诚毅学院
26. 厦门大学嘉赓学院
27. 西安交通大学城市学院
28. 西安财经大学行知学院
29. 重庆工商大学派斯学院
建议根据个人兴趣、学术目标和地理位置等因素，综合考虑这些院校的金融工程专业。