申请日本大学的研究生，尤其是顶尖学部和大学院，竞争是非常激烈的。对于三本院校的申请者来说，申请难度会更高，因为出身校通常无法改变，所以申请者需要从GPA和托福成绩上着手提高自己的竞争力。
如果目标是申请位于首都圈的国公立大学，建议申请者的GPA应达到3.5以上，托福成绩至少80分，这样申请成功的可能性会更大。
需要注意的是，不同大学和专业之间的申请难度也有所不同。一些热门专业和知名大学申请竞争激烈，申请者需要具备较高的学术水平和综合素质。而一些相对冷门或实力稍弱的大学则可能申请难度较低。
综上所述，申请日本三本大学的研究生确实面临较大挑战，申请者需要认真准备，提高自己的GPA和托福成绩，并可能需要考虑申请相对冷门的专业或大学以增加录取机会。