民办大学的社保基数计算方式如下：
社保缴费基数上限：
一般不超过当地职工上一年度申报个人所得税的工资、薪金税项的月平均额的300%。例如，如果当地社会平均工资为1000元，那么社保缴费基数的上限为3000元。
社保缴费基数下限：
一般不低于当地职工上一年度申报个人所得税的工资、薪金税项的月平均额的60%。同样以当地社会平均工资为1000元为例，社保缴费基数的下限为600元。
工资收入在300%—60%之间的处理：
职工工资收入在这个区间内的，按实际工资收入申报社保缴费基数。
工资收入无法确定的情况：
当职工工资收入无法确定时，其缴费基数按当地劳动行政部门公布的当地上一年职工平均工资为缴费工资确定。
民办学校与公办学校的社保缴纳：
无论是民办学校还是公办学校，社保的缴纳基数和政策都是相同的，都是按照上述标准根据职工的工资基数来缴纳。
综上所述，民办大学的社保基数主要是依据当地职工上一年度的平均工资来确定的，具体缴费基数在职工平均工资的60%至300%之间。需要注意的是，具体的社保缴费基数可能会因地区政策不同而有所差异。建议民办大学在实际操作中参照当地的具体政策和规定来确定社保缴费基数。