在常州最好的三本大学中， 常州大学怀德学院被认为是最好的选择。常州大学怀德学院是由常州大学和泰州职业技术学院合作举办的独立学院，以其丰富的教育资源和良好的学术氛围著称。学院拥有一流的师资队伍和完善的教学设施，致力于为学生提供高质量的教育。
此外，常州工学院延陵学院和常州工学院戚墅堰学院也是值得考虑的三本学校。常州工学院是市属的一所全日制普通本科高等学校，虽然其整体实力略逊于常州大学，但在某些方面也有其独特的优势。
综上所述，如果你在考虑三本大学，常州大学怀德学院是首选，其次是常州工学院的相关学院。建议你可以进一步了解各学院的详细专业设置和教学质量，以便做出更明智的选择。