北京交通大学设有多个学院，以下是部分学院的列表：
1. 电子信息工程学院
2. 计算机与信息技术学院
3. 经济管理学院
4. 交通运输学院
5. 土木建筑工程学院
6. 机械与电子控制工程学院
7. 电气工程学院
8. 理学院（数学与统计学院、物理科学与工程学院等）
9. 语言与传播学院
10. 软件学院
11. 马克思主义学院
12. 建筑与艺术学院
13. 法学院
14. 国家保密学院
15. 环境学院
16. 海滨学院（独立学院）
此外，北京交通大学还设有研究生院和远程与继续教育学院，并与企业合作创办了独立学院。学校开设有62个本科专业，涵盖工、管、经、理、文、法、哲等多个学科领域