香港中文大学（深圳）设有多个学院，提供覆盖不同学科的本科和研究生课程。以下是部分学院及其专业设置：
1. 经管学院
市场营销
国际商务
经济学
金融学
会计学
2. 理工学院
数学与应用数学
新能源科学与工程
化学
电子与计算机工程（原名电子信息工程）
材料科学与工程
3. 人文社科学院
应用心理学
翻译
英语
4. 数据科学学院
统计学
计算机科学与技术
数据科学与大数据技术
5. 生物信息学（新增专业）
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