南京大学有几个重点班级，其中包括：
南京大学拔尖班
包含数学、物理学、化学、生物学、计算机科学、天文学、大理科七个班。
是国家“基础学科拔尖学生培养试验计划”的一部分。
南京大学交叉试验班
同样是基础学科拔尖学生培养计划的一部分。
南京大学匡亚明学院大理科班
作为国家理科基础学科人才培养基地中的综合点，获得过国家级教学成果一等奖。
推行的大理科人才培养模式被其他高校效仿。
南京大学附属中学的格致班和零班
格致班：注重学术能力培养，适合追求学术成就的学生。
零班：学生素质多元化，适合背景不同的学生。
这些班级在学术能力、师资力量、教学质量等方面都有较高的标准，是南京大学培养优秀学生的摇篮