日本最厉害的医科大学排名如下：
东京大学医学部
门槛高，淘汰率高，保证医学教育质量。
在亚洲大学中享有极高的地位。
京都大学医学部
与东京大学竞争，旗鼓相当。
提供全面的医学教育和培训。
大阪大学医学部
日本七所帝国大学之一，排名稳定。
拥有汤川秀树等诺贝尔奖得主。
庆应义塾大学医学部
私立大学中的顶尖院校，但学费昂贵。
东京医科齿科大学医学部
日本最好的牙科大学，综合实力强。
齿科专业在日本及世界排名中均位于前列。
九州大学医学部
日本七所帝国大学之一，西日本医学名校代表。
癌症治疗、齿科和心脏介入等领域享有国际声誉。
以上排名根据历史、教育质量、研究水平、国际声誉等因素综合考量得出。