日本在国际上享有盛誉的顶级大学包括：
东京大学（The University of Tokyo）
常年位居全球前50名之内，在物理、化学、材料科学、工程学、生物学、医学等专业领域享有高声誉。
京都大学（Kyoto University）
经常位于全球前100名，以卓越的基础科学研究著称，尤其在化学、生物学和物理学等领域。
东北大学（Tohoku University）
医学、农学、理学等领域闻名，工学也非常有名。
大阪大学（Osaka University）
在医学、工学、理学等领域拥有强大的研究实力。
东京工业大学（Tokyo Institute of Technology）
在工程与技术领域表现出色，经常位列全球前100名。
九州大学（Kyushu University）
日本西部地区的重要学术中心。
名古屋大学（Nagoya University）
在多个学科领域都有很高的研究水平。
北海道大学（Hokkaido University）
日本最北端的顶尖综合性研究型大学。
庆应义塾大学（Keio University）
日本人心目中排名最高的学府之一，文科和理工科实力平均。
早稻田大学（Waseda University）
日本著名的私立大学，许多名人和社会名流毕业于此。
这些大学在国际上享有高声誉，并在各自的领域有着卓越的研究成果和学术贡献。