当前中国军工大学中设有硕士点的学校包括：
国防科技大学
设有多个一级学科硕士点和专业学位硕士点。
中国人民解放军海军军医大学（第四军医大学）
拥有12个一级学科博士点和12个一级学科硕士点。
中国人民解放军空军军医大学
设有12个一级学科博士点和12个一级学科硕士点。
海军工程大学
共有5个硕士点。
中国人民解放军战略支援部队航天工程大学
设有12个硕士点。
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