南通大学在2022年的新工科专业排名中，自动化专业排名第二。具体的排名信息如下：
1. 第一名：临床医学，投档线为578分。
2. 第二名：电气工程及其自动化，投档线为557分。
3. 第三名：儿科学，投档线为557分。
4. 第四名：机械设计制造及其自动化，投档线为554分。
5. 第五名：生物技术，投档线为548分。
6. 第六名：化学（师范，师范类），投档线为547分。
7. 第七名：土木工程，投档线为546分。
8. 第八名：交通工程，投档线为546分。
请注意，排名信息可能会随着时间和不同评价机构的标准有所变化，请以最新的官方发布信息为准。