南京最好的大学物流专业包括以下几所：
南京信息工程大学：
物流与供应链管理专业是该校管理学领域的明星专业之一，拥有十余年的办学历史。该专业旨在培养具备物流与供应链管理专业知识和技能，能够在物流企业、制造企业、咨询公司、政府部门等领域从事物流规划、供应链管理、物流系统设计及运营管理等工作的高级专门人才。
南京邮电大学：
在软科排名第85名，在校友会排名第122名，物流工程与管理专业是其专业学位硕士的一个研究方向，分为物流信息系统、物流管理和供应链物流三个方向。
南京航空航天大学：
物流工程管理考研专业备受关注，南京航空航天大学创建于1952年，是新中国自己创办的第一批航空高等院校之一，物流专业实力较强。
南京交通职业技术学院：
物流管理专业是江苏省高校品牌专业建设工程一期项目、江苏省高水平骨干专业、“十二五”江苏省重点建设专业群、国家级骨干专业、国家教育体制改革试点项目、江苏省首批现代职教体系建设试点项目，物流管理专业群为江苏省高等职业教育高水平专业群，人才培养水平及就业质量处于领先地位。
南京工程学院：
物流类专业在全国排名前列，师资力量雄厚，教学设备先进，实践教学丰富，毕业生就业率高。
建议您根据具体需求和职业规划，综合考虑各学校的优势和专业特色，选择最适合自己的学校和专业。