截至2024年，清华大学、浙江大学和北京大学的年度总收入均已超过400亿元人民币。具体数据如下：
1. 清华大学：2023年预算总收入为410.93亿元。
2. 浙江大学：2023年预算总收入为309.1亿元。
3. 北京大学：2023年预算总收入为222.47亿元。
此外，上海交通大学、复旦大学、中山大学等高校的收入也超过了100亿元人民币。
建议：
如果考虑的是年度总收入，那么清华大学、浙江大学和北京大学位列前三。
如果考虑的是预算总收入，清华大学依然位列第一，浙江大学和北京大学分别位列第二和第三。