东京大学医学部
东京大学医学部在日本乃至亚洲都享有极高的声誉，以高门槛和淘汰率著称，但保证了其教育质量在亚洲的领先地位。
庆应义塾大学医学部
作为私立大学中的顶尖名校，庆应义塾大学的医学部在师资和教学力量上非常优秀，但学费昂贵且学制年限长，不太适合工薪家庭的留学生。
京都大学医学部
京都大学医学部与东京大学医学部类似中国的北大和清华，实力不相上下，都是日本顶尖的国立医科大学。
大阪大学医学部
大阪大学医学部在科学研究方面表现突出，拥有多位诺贝尔奖得主，最新世界排名中位列55名，是一所顶尖的综合研究型国立大学。
东京医科齿科大学医学部
东京医科齿科大学是日本著名的国立大学，以牙科专业尤为著名，综合实力可与其他顶尖大学相媲美。
建议：
东京大学医学部：适合追求最高学术水平和研究环境的留学生。
庆应义塾大学医学部：适合家庭经济条件较好、愿意支付高昂学费的留学生。
京都大学医学部：适合学术实力强、希望与顶尖学者学习的留学生。
大阪大学医学部：适合希望在科学研究领域有所建树的留学生。
东京医科齿科大学医学部：适合对牙科专业有浓厚兴趣的留学生。