九十年代北京的高校排名如下：
1. 清华大学
2. 北京大学
3. 中国科学技术大学
4. 南京大学
5. 复旦大学
6. 上海交通大学
7. 西安交通大学
8. 浙江大学
9. 哈尔滨工业大学
10. 北京理工大学
建议：
清华大学和北京大学在90年代一直位列前两名，且清华大学在工科类排名中位列第一，北京大学在理科类排名中位列第一。
北京科技大学在90年代排名全国第12位，科研实力在北京市独占鳌头，仅次于清华北大。
浙江大学在90年代排名第三，但近几年排名有所下降。
复旦大学和上海交通大学也是90年代的重要高校，排名较高。
这些排名综合了不同来源的数据，因此排名结果可能有一定的差异。