南京工业大学的王牌专业包括：
化学工程与技术：
该专业在国家第四轮学科评估中获得了A等级，排名全国前2%~5%，显示出其在全国范围内的领先地位。
材料科学与工程：
在学科评估中获得了B等级，排名全国前10%~20%，在省内排名第一。
安全科学与工程：
同样获得了B等级，专业实力强劲。
无机非金属材料工程：
这也是南京工业大学的强项之一。
过程装备与控制工程：
该专业在多个排名中均被列为王牌专业。
电气工程及其自动化：
此专业在多个排名中也被视为王牌专业。
土木工程：
该专业在多个排名中也被视为王牌专业。
建筑环境与能源应用工程：
此专业在多个排名中也被视为王牌专业。
测绘工程：
该专业在多个排名中也被视为王牌专业。
制药工程：
此专业在多个排名中也被视为王牌专业。
建筑学：
该专业在多个排名中也被视为王牌专业。
动力工程及工程热物理：
该专业在多个排名中也被视为王牌专业。
这些专业在教学、科研和就业方面均表现优异，建议感兴趣的学生重点关注。