南京大学城主要分为三个大学城：
仙林大学城：
位于栖霞区，现有南京大学、南京师范大学（含中北学院）、南京财经大学、南京邮电大学、南京中医药大学、南京森林公安高等专科学校、南京理工大学紫金学院等16所高校。
江宁大学城：
位于江宁区，包括南京航空航天大学、东南大学、正德学院、南京医科大学、江苏经贸学院、江苏海事学院、南京交通学院、南京金陵科技学院、南京晓庄学院、中国传媒大学南广学院、南京工程学院等15所高校。
江浦（浦口）大学城：
位于浦口区，包括南京工业大学、南京审计学院、东南大学、南京大学、南京信息工程大学、南京农业大学工学院等9所高校。
建议：
仙林大学城是江苏省发展高等教育产业的重点地区，主打高档社区和科研机构错落分布，以高起点、绿色人文为主题的高发展为目标，是江苏和中国重要的高等教育集聚区。
江宁大学城以航空航天、电子信息等高科技产业为主，汇聚了多所高校和科研机构，是南京乃至江苏省的重要科技创新基地。
江浦（浦口）大学城以工科为主，拥有多所高校和科研机构，是南京江北新区的重要组成部分，近年来发展迅速。