马耳他的高等教育机构包括：
马耳他大学 （University of Malta）
成立于1769年，是马耳他的唯一一所国立大学。
提供本科、硕士和博士课程。
拥有与全球多所大学合作，包括与美国、英国及欧洲各国的名牌大学。
医学或临床医学专业享有全球声誉。
拥有良好的国际声望，被视作“马耳他政要的孵化器和世界精英的摇篮”。
圣马丁高等教育学院 （St Martin's Institute of Information）
是英国伦敦大学的海外分支机构。
提供英国伦敦大学颁发的学士学位。
学费和生活费仅为英国的1/3。
商科与计算机专业受欢迎。
学生有机会后两年到英国总部学习。
伦敦商学院马耳他校区 （London Business School Malta Campus）
提供英国学士学位及工商管理硕士学位。
教学品质卓越，学习成本具有竞争力。
学生可获得英国贝德福德大学的本科及MBA学位。
密苏里大学马耳他分校 （University of Missouri-St. Louis Malta Campus）
成立于1972年，属于美国密苏里大学系统。
提供与密苏里大学相似的本科和研究生课程。
毕业生可获得与密苏里大学系统其他分校相同的学位。
艺术科技学院 （Malta College of Arts, Science & Technology）
成立于1985年，专注于艺术和科技教育。
提供动画、电影制作、游戏设计等创意产业相关课程。
与多个国际机构和公司合作，提供实践机会。
伯明翰大学马耳他分校 （University of Birmingham Malta Campus）
成立于2005年，是英国伯明翰大学的分校。
马耳他的教育体系主要采用英式教育，并提供免费公立教育。此外，马耳他还有其他类型的学校，如旅游学院等。