海关总署直属的大学有 上海海关学院和 中国海关管理干部学院。
上海海关学院：
成立于1953年，是中国海关总署直属的唯一一所全日制普通高等本科院校。学院以海关管理、海关检验检疫安全等特色专业为主，在全国处于领先地位。毕业生就业前景广阔，多从事海关、国际贸易及相关领域的工作。
中国海关管理干部学院：
成立于1984年，主要为海关队伍建设、业务改革及关警员成长成才服务。学院立足海关，服务海关，面向国际，建设具有海关特色的一流管理干部学院。
建议：
上海海关学院作为海关总署唯一直属的全日制本科高等学校，具有明显的专业优势，是海关相关专业学生的首选。
中国海关管理干部学院则侧重于海关干部的培训和教育，适合有志于从事海关管理工作的学生。