南京作为中国的历史文化名城，历史上曾经存在过许多知名的大学。以下是一些南京曾经拥有的大学：
国立中央大学：
成立于1902年，前身为三江师范学堂，后经过多次更名，于1952年与金陵大学的文理学院合并，形成了现在的南京大学。
金陵大学：
成立于1888年，前身为汇文书院，是一所由美国基督教会美以美会在南京创办的教会大学。1952年与南京大学合并。
南京工学院：
成立于1902年，后改名为东南大学，是中国最早建立的高等学府之一。
南京航空学院：
后改名为南京航空航天大学。
华东工程学院：
后改名为南京理工大学。
南京化工学院：
后改名为南京工业大学。
南京邮电学院：
后改名为南京邮电大学。
华东水利学院：
后改名为河海大学。
南京建筑工程学院：
后部分并入南京工业大学。
南京林学院：
后改名为南京林业大学。
南京气象学院：
后改名为南京信息工程大学。
这些大学中，许多在经历了院系调整和更名之后，发展成为今天在南京乃至全国都享有盛誉的高等教育机构。