巴拿马拥有多所著名的高等教育机构，其中包括：
巴拿马大学 （Universidad de Panamá）- QS世界大学排名中位于1201位。
巴拿马技术大学 （Universidad de Panamá de Tecnología）- QS世界大学排名中位于951位。
圣玛丽亚拉安蒂瓜天主教大学 （Universidad Santa María La Antigua）。
质量领导大学 （Quality Leadership University）。
巴拿马国际海事大学 （Universidad Marítima Internacional de Panamá）。
巴拿马西海岸大学 （Universidad de la Costa del Pacífico）。
巴拿马伯拉第大学 （Universidad de Panamá de Veraguas）。
奇里基自治大学 （Universidad Autónoma de Chiriquí）。
地峡大学 （Universidad de los Istmos）。
这些学校为学生提供多样化的学术和职业课程，部分课程也适合国际学生，可以作为跳板进入美国和加拿大的高等教育体系。