日本在东京的著名大学包括：
东京大学（The University of Tokyo， 简称东大）
成立于1877年，是日本第一所国立大学，也是亚洲最古老的大学之一。
设有10个学部，15个研究生院，50个本科专业，96个研究生专业。
在多个国际大学排名中名列前茅，例如QS世界大学排名中位列第23位。
东京工业大学（Tokyo Institute of Technology， 简称东工大）
专注于工程技术与自然科学，是日本顶尖的研究型大学。
在自然科学类排名中世界第24名，泰晤士高等教育日本大学排名中位居第2位。
庆应义塾大学（Keio University）
是一所历史悠久的私立大学，在2016年CWUR世界大学排名中位列第33位。
早稻田大学（Waseda University）
是一所享有国际声誉的私立大学，在2016年CWUR世界大学排名中位列第37位。
一桥大学（Hitotsubashi University， 简称一桥）
专注于人文社会科学，是日本唯一一所专攻人文社会科学的小规模精英大学。
东京外国语大学（Tokyo University of Foreign Studies）
是一所专注于语言教育的国立大学。
东京医科齿科大学（Tokyo Medical and Dental University， 简称TMDU）
是一所专注于医学和牙学的国立大学，牙医学部在日本具有很高的排名。
上智大学（Sophia University）
是一所历史悠久的私立大学，提供广泛的学科教育。
东京艺术大学（Tokyo University of the Arts， 简称艺大）
专注于艺术领域的教育，包括美术和音乐。
明治大学（Meiji University）
是一所著名的私立综合性大学。
中央大学（Chuo University）
是一所历史悠久的私立综合性大学。
御茶水女子大学（Ochanomizu University）
是一所专注于女性教育的国立大学。
首都大学东京（Tokyo Metropolitan University）
是一所公立研究型大学。
产业技术大学院大学（Tokyo Denki University）
是一所专注于工程技术和应用科学的公立大学院。
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