石河子大学最好的专业包括：
农业机械化及其自动化：
该专业是石河子大学的王牌专业之一，也是国家级特色专业和国家级一流本科专业建设点。毕业生可在农业机械生产企业、农业技术推广部门等单位工作，就业率一直保持在90%以上。
农学：
农学专业是石河子大学的另一王牌专业，也是国家级特色专业之一。毕业生可在农业、园林、畜牧等领域从事与农学有关的技术与设计、推广与开发、经营与管理、教学与科研等工作，就业率达到了90.04%。
临床医学：
临床医学专业在石河子大学中也非常受欢迎，就业率较高，是石河子大学的重要专业之一。
化学工程与工艺：
该专业是石河子大学的传统优势专业之一，也是国家级一流本科专业建设点。毕业生大多在化工、炼油、冶金、能源、轻工、医药、环保和军工等部门从事工程设计、技术开发、生产技术管理和科学研究等方面工作，整体就业率一直保持在95%以上。
动物医学：
动物医学专业作为国家级特色专业之一，毕业生在动物医疗、动物保健、兽药研发等领域具有广泛的就业前景，就业市场与薪资都相当可观。
电气工程及其自动化：
该专业在石河子大学中投档线较高，是热门专业之一。
计算机科学与技术：
该专业在石河子大学中投档线也较高，是热门专业之一。
软件工程：
软件工程专业在石河子大学中投档线较高，是热门专业之一。
应用化学：
该专业在石河子大学中也有较高的声誉和影响力。
机械设计制造及其自动化：
该专业在石河子大学中投档线较高，是热门专业之一。
这些专业不仅在国内有着很高的声誉和影响力，而且在就业市场上也有很好的表现。建议考生在选择专业时，可以根据自己的兴趣和职业规划，综合考虑这些专业的优势和就业前景。