南京离市区近的大学主要集中在以下几个区域：
仙林大学城
仙林大学城位于南京市栖霞区，地铁2号线穿城而过，交通十分便利。南京大学、南京师范大学、南京邮电大学、南京财经大学等高校均位于仙林大学城，这些学校距离新街口等市中心区域非常近。
江宁大学城
江宁大学城位于南京市江宁区，东南大学、河海大学、南京航空航天大学、南京理工大学、南京药科大学、南京医科大学等高校均位于江宁大学城，通过地铁1号线和多条公交线路可以方便地到达市中心。
浦口区
浦口区也有一些高校，如南京审计学院、南京工业大学、南京信息工程学院等，虽然距离市中心较远，但通过地铁2号线也可以较为方便地到达。
中华门附近
中华门附近有一些本科院校，如南京师范大学、南京理工大学、南京财经大学、南京晓庄学院、南京医科大学等，这些学校距离新街口等市中心区域不远。
综合考虑，仙林大学城和江宁大学城是离南京市区最近的区域，交通便利，适合学生居住和学习。如果更倾向于靠近市区的学校，仙林大学城是首选，因为其地理位置更为优越，且有多条地铁线路贯穿。