南京的土木系大学包括以下几所：
东南大学
东南大学位于江苏南京，是一所综合类本科大学，也是双一流、211、985、卓越计划大学。东南大学在土木工程领域有很高的声誉，其土木工程专业在全国具有很高的排名。
河海大学
河海大学也位于江苏南京，是一所以水利为特色，理工为主的综合性大学。河海大学的土木工程专业同样非常出色，在全国排名中占据重要位置。
南京工业大学
南京工业大学位于江苏南京，是一所以工为主，理、管、经、文、法、哲、医协调发展的多科性大学。南京工业大学的土木工程专业实力较强，是江苏省重点建设高校之一。
南京理工大学
南京理工大学位于江苏南京，是一所理工类本科大学。南京理工大学的土木工程专业也具有很高的声誉，在全国排名中名列前茅。
南京航空航天大学
南京航空航天大学位于江苏南京，是一所理工类本科大学。南京航空航天大学的土木工程专业在航空、航天领域有广泛应用，实力较强。
南京林业大学
南京林业大学位于江苏南京，是一所农林类本科大学。南京林业大学的土木工程专业主要涉及道路桥梁与渡河工程等方面。
这些学校在土木工程领域都有各自的优势和特色，建议根据个人兴趣和职业规划选择合适的学校进行报考。