在南通开设分院或办学点的大学包括：
东南大学南通海洋高等研究院：
由东南大学与南通市政府合作共建，坐落于江苏省南通市风景优美的紫琅湖畔，于2024年7月获批江苏省重大创新平台计划。
哈尔滨工程大学长三角高等研究院：
由哈尔滨工程大学与南通市人民政府携手打造，集科研、教育、产业创新于一体的新型研发机构，成立于2024年10月6日。
南通开放大学：
南通开放大学是南通市政府直属全日制公办高等院校，设有多个特色学院，如智能制造学院、城市发展学院、物流学院、康养学院等，并且挂牌了南通老年开放大学和国家老年大学江苏分部南通分校。
江苏城市职业学院南通办学点：
江苏城市职业学院在南通设有办学点，主要开展中高等职业教育。
南通建筑职业技术学校：
南通建筑职业技术学校也是南通市政府直属的高等职业院校。
南通职业大学：
南通职业大学搬迁至南通大学钟秀校区，并且有多个校区。
这些大学在南通的分院或办学点，不仅为当地提供了更多的教育资源，也促进了产学研结合，有助于推动地方经济社会的高质量发展。