在安徽，电气工程及其自动化专业排名最好的大学为 合肥工业大学，在省外则最好的大学为 华中科技大学。具体排名如下：
合肥工业大学（省内排名第1，省外排名第1）
安徽大学（省内排名第2）
安徽农业大学（省内排名第3）
安徽工业大学（省内排名第4）
安徽理工大学（省内排名第5）
安徽工程大学（省内排名第6）
安徽建筑大学（省内排名第7）
合肥师范学院（省内排名第8）
阜阳师范大学（省内排名第9）
皖西学院（省内排名第10）
建议：
合肥工业大学在电气工程及其自动化专业方面的学科实力较强，拥有多个博士和硕士点，并且在全国的学科排名中也较为靠前，是安徽省内电气工程专业的首选院校。
安徽理工大学和安徽工业大学也是电气工程及其自动化专业实力较强的院校，具有各自的优势和特色。
其他院校如安徽大学、安徽农业大学等也具备较好的教学和研究能力，可以根据个人兴趣和职业规划进行选择。