石河子大学自创建以来，有多位校领导在任期内为学校的发展做出了重要贡献。以下是一些石河子大学历任的重要领导：
柴真
现任石河子大学党委书记。
曾任北京大学生命科学学院党委副书记、发展规划部副部长、生命科学学院党委书记、党委组织部副部长、部长，2019年12月任石河子大学党委副书记（牵头主持党委工作）。
李兆敏
现任石河子大学党委副书记、校长。
曾任中国石油大学（华东）党委常委、党委副书记、副校长，2019年9月任石河子大学党委常委、副校长（援疆）。
代斌
曾任石河子大学校长，任期为2017年3月至2024年10月。
徐善东
现任石河子大学党委书记。
曾任北京大学医学部党委副书记。
李孝光
现任石河子大学党委常委、副校长。
曾任石河子大学党委宣传部部长。
牛新民
现任石河子大学党委常委、纪委书记。
曾任新疆生产建设兵团党委组织部人才工作处处长。
叶含春
现任石河子大学党委常委、副校长。
曾任塔里木大学农业工程学院院长。
李剑
现任石河子大学党委常委、副校长。
曾任华东理工大学卓越工程师学院院长。
李鲁华
现任石河子大学党委常委、副校长。
这些领导在各自的任期内，推动了石河子大学在教学、科研、管理等方面的发展，为学校的整体进步做出了显著贡献。