护理学
评级：A++
全国排名：第1名
法医学
评级：A++
全国排名：第1名
临床医学
评级：A++
全国排名：第1名
口腔医学
评级：A+
全国排名：第5名
基础医学
评级：A++
全国排名：第1名
预防医学
评级：A
全国排名：第4名
麻醉学
评级：A
全国排名：第4名
公共事业管理
评级：A+
全国排名：第4名
应用心理学
评级：A+
全国排名：第6名
信息管理与信息系统
评级：A
全国排名：第14名
此外，皖南医学院在2023年校友会中国大学一流学科排名中，以下学科被评为三星级学科（3）：
中西医结合
药学
临床医学
公共卫生与预防医学
基础医学
心理学
生物学
马克思主义理论
这些专业不仅在皖南医学院内部具有较高的教学质量和学术研究水平，而且在全国范围内也得到了广泛认可。