南京地区开设酿酒工程专业的大学有南京农业大学和江南大学。
南京农业大学：
南京农业大学成立于1902年，是中国最早的农业高等院校之一。学校的酿酒科学与工程学科是江苏省重点学科和南京市特色学科。酿酒工程专业为工学硕士学位授权单位，拥有酒类发酵工艺及装备技术、蒸馏技术与工艺、酒类品质控制三个研究方向。学生毕业后可以在酿酒企业从事生产管理、研发设计工作，以及在酿酒科研机构从事技术研究和新品开发工作等。
江南大学：
江南大学源于南京工学院（东南大学）食品科学系，是一所以轻工业为主，兼有医学特色的全国重点大学。江南大学的酿酒工程专业在全国高校中排名第一，拥有国家重点学科——农产品加工及贮藏工程，以及省级重点学科——食品工程技术。江南大学酿酒工程专业是硕士学位授权一级学科，学科领域涉及酒类发酵工艺、酒类鉴质与品鉴、酿酒工程装备、酿酒企业管理等多个方向。
建议：
如果你更倾向于在农业领域发展，南京农业大学是一个很好的选择。
如果你希望在全国酿酒工程专业中处于领先地位，江南大学无疑是最佳选择。