复旦大学拥有众多专业，涵盖哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、医学、管理学、艺术学等多个学科门类。以下是一些主要院系及其专业设置：
中国语言文学系
汉语言文学
汉语言
外国语言文学学院
英语
翻译
德语
日语
朝鲜语
俄语
法语
新闻学院
新闻学
广播电视新闻学
传播学
广告学（卓越新闻人才计划）
历史学系
历史学
旅游管理
旅游学系
文物与博物馆学系
文物与博物馆学
哲学学院
哲学
宗教学
社会发展与公共政策学院
社会学
社会工作
心理学
公共事业管理（社会管理方向）
国际关系与公共事务学院
政治学与行政学
行政管理
国际政治
思想政治教育
法学院
法学（卓越法律人才基地）
经济学院
经济学
经济学（数理经济方向拔尖项目）
经济学专业国际项目（UIPE）
国际经济与贸易（国际经济学）
金融学
财政学
保险学
数学科学学院
数学与应用数学
信息与计算科学
物理学系
物理学
大气科学与海洋系
大气科学
核科学与技术系
核工程与核技术
化学系
化学
应用化学
能源化学
高分子科学系
高分子材料与工程
信息科学与工程学院
智能科学与技术（卓越班，智能系统方向）
智能科学与技术（卓越班）
光电信息类（卓越班）
电子信息科学与技术
通信工程
电气工程及其自动化
生物医学工程
光电信息科学与工程
微电子学院（国家示范性微电子学院）
微电子科学与工程（卓越班）
微电子科学与工程
材料科学系
材料化学
材料物理
电子科学与技术
航空航天系
飞行器设计与工程
理论与应用力学
生命科学学院
生物科学
生物技术
生态学
环境科学与工程系
环境科学
大数据学院
数据科学与大数据技术
计算机科学技术学院
计算机科学与技术
信息安全
软件学院（国家示范性软件学院）
软件工程（卓越班）
软件工程
国家保密学院
保密管理
保密技术
管理学院
工商管理（战略、国际商务、人力资源管理方向）
市场营销
财务管理（金融工程方向）
会计学
管理科学（供应链方向）
信息管理与信息系统（电子商务方向）
统计学
上海医学院
临床医学（8年制本博连读）（卓越医生计划）
临床医学（5年制）（卓越医生计划）
基础医学（拔尖人才培养计划）
法医学
公共卫生学院
预防医学（5年制）
公共事业管理
药