1988年全国大学排名中，清华大学和中国科学技术大学位列综合类大学的前两位。具体排名如下：
1. 清华大学
2. 中国科学技术大学
3. 武汉大学
4. 中山大学
5. 山东大学
6. 四川大学
7. 兰州大学
8. 湘潭大学
9. 云南大学
10. 西北大学
11. 新疆大学
12. 内蒙古大学
13. 西南政法学院
14. 山东海洋学院
15. 长沙工学院
16. 天津大学
17. 重庆大学
18. 同济大学
19. 浙江大学
20. 上海交通大学
21. 西安交通大学
22. 西南交通大学
23. 北方交通大学
以上是根据提供的信息整理的1988年全国大学排名情况。如果您需要更详细的信息或其他年份的排名，请告诉我