昌吉地区拥有一些知名的医科大学和医疗机构，其中包括：
新疆医科大学第一附属医院昌吉分院
是一所集医疗、教学、科研、预防保健、急救、社会卫生服务为一体的公立综合性医院。
始建于1965年，前身为昌吉市第二人民医院。
2014年与新疆医科大学第一附属医院合作，成为昌吉市城南的重要医疗机构。
昌吉市人民医院
与新疆医科大学全科医学学院建立了党建联盟，提升了昌吉市的医疗服务水平。
吉木萨尔县人民医院
是一所二级甲等综合性医院，也是昌吉卫校的临床教学基地。
与多家三甲医院合作，提供远程会诊服务，缓解了当地群众的医疗需求。
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