在医学信息工程专业方面，以下大学被认为是最好的：
四川大学：
四川大学作为国内知名的985高校，其医学信息工程专业在全国学科评估中荣获A+成绩，位居榜首。学校为该专业配备了雄厚的师资力量和先进的教学设施，并依托在医学和信息学科领域的强大研究实力取得了丰硕的科研成果。
杭州电子科技大学：
该校是浙江省政府与国防科技工业局共建的以电子信息为特色的院校，医学信息工程专业以电子信息技术为特色，注重培养学生的工程实践能力。学科评估中该专业也达到了A+，与四川大学并列第一。此外，学校还与多家医疗机构和企业合作，便于学生的实习和就业。
重庆邮电大学：
重庆邮电大学是工业和信息化部与重庆市共建的高水平大学，被誉为“中国信息通信人才的摇篮”。其医学信息工程专业依托学校的研究中心和实验室，具有明显优势和特色，学科评估为A，在通讯领域的超高造诣使得该专业成为学校的王牌专业。
南京信息工程大学：
作为一所双一流高校，南京信息工程大学在医学信息工程专业方面依托人工智能学院及智慧医疗研究院，具有明显的学科优势。学校还联合了东南大学附属医院，在专业领域取得了显著成绩，学科评估同样为A。
徐州医科大学：
该校在医学信息工程专业方面也表现优异，学科评估为A，在2024年全国医学信息工程专业大学排名中位列前五。
综上所述，这些大学在医学信息工程专业方面均具有很高的教学水平和研究实力，建议尖子生在选择院校时重点考虑这些学校。