中国药科大学
中国药科大学在药物化学专业中排名第一，是国家级一流本科专业。
沈阳药科大学
沈阳药科大学在药物化学专业中排名第二，也是国家级一流本科专业。
河北医科大学
河北医科大学在药物化学专业中排名第三，是省级一流本科专业。
北京大学
北京大学在药物化学专业中排名第四。
浙江大学
浙江大学在药物化学专业中排名第五。
复旦大学
复旦大学在药物化学专业中排名第六。
上海交通大学
上海交通大学在药物化学专业中排名第七。
中山大学
中山大学在药物化学专业中排名第八，药学院是原中山大学和中山医科大学两校合并后于2002年6月成立的第一个学院，近年来在化学学科和药理学与毒理学方面表现突出。
山东大学
山东大学在药物化学专业中排名第九。
四川大学
四川大学在药物化学专业中排名第十。
这些排名综合了不同年份和不同评价机构的数据，建议结合具体年份和评价标准进行参考。