上海市自贸区内的大学包括：
上海对外经贸大学
上海对外经贸大学位于上海市，由商务部（原对外贸易经济合作部）于1960年创建，是一所以经济学、管理学、文学、法学为主干学科，具有鲜明特色的涉外商科类重点大学。学校是华东地区国际化人才培养和对外经济贸易、外国语言文化、国际战略研究的重要基地，为"2011计划"、"卓越法律人才教育培养计划"、"卓越新闻传播人才教育培养计划"入选院校，是中国（上海）自由贸易试验区经贸人才培养基地，并且为"中国（上海）自由贸易试验区协同创新中心"主要参与高校。学校在多边贸易体制研究领域具有一定国际影响力，是世界贸易组织首批12所教席院校之一（中国唯一），是世界知识产权组织仲裁员单位，是国际贸易与可持续发展中心中国合作伙伴，是联合国亚洲及太平洋经济社会委员会贸易研究与培训网络重要分支，同时也是联合国贸易和发展会议虚拟学院核心成员。
华东师范大学
华东师范大学国家专业技术人员继续教育基地位于临港新片区，由中国（上海）自由贸易试验区临港新片区管委会承办。
上海立信会计金融学院
上海立信会计金融学院是上海市属全日制普通高等学校，为上海高水平地方应用型高校建设单位、全国毕业生就业典型经验高校、上海市击剑专业运动队体教结合改革试点学校，中国产学研合作促进会、中国校企协同产学研创新联盟常务理事单位，全国高校诚信文化育人联盟、中国金融科技教育与应用创新联盟牵头单位，上海市学校艺术教育发展评估中心、上海市。
上海海事大学
上海海事大学位于上海浦东临港新片区，是临港大学园区的一部分，园区还包括上海海洋大学、上海电力大学、上海电机学院、上海建桥学院等高校。
这些大学在自贸区内的建设和发展，为区域内的经贸、金融、法律、教育等领域提供了重要的人才支持和科研服务。