纽约市区拥有众多知名大学，以下是部分著名的大学列表：
哥伦比亚大学 （Columbia University）
成立于1754年，位于曼哈顿，世界顶级私立研究型大学。
纽约大学 （New York University, NYU）
成立于1831年，位于曼哈顿，世界著名私立研究型大学，拥有多个国际校区。
康奈尔大学 （Cornell University）
世界顶级私立研究型大学，位于纽约州伊萨卡，有纽约市和卡塔尔教育城的分校。
福特汉姆大学 （Fordham University）
校园分布在纽约市区，包括林肯中心校区、布朗克斯的玫瑰山主校区以及韦斯切斯特校区。
耶什华大学 （Yeshiva University）
位于纽约市，是一所重要的犹太教育机构。
茱莉亚音乐学院 （The Juilliard School）
专注于音乐教育的世界顶级艺术学院。
曼哈顿学院 （Manhattan College）
位于曼哈顿，提供多种学科的本科和研究生教育。
巴纳德学院 （Barnard College）
位于曼哈顿晨边高地，以小班化教学和严谨的学术氛围著称。
佩斯大学 （Pace University）
提供多样化的学术和职业课程。
普瑞特艺术学院 （Pratt Institute）
知名的艺术和设计学院。
圣约翰大学 （St. John's University）
提供多种学科的本科和研究生教育。
这些大学为纽约市区的学生及国际学生提供了丰富的教育和研究机会。