南京最厉害的大学及其专业包括：
南京理工大学：
南京理工大学在多个排行榜中均表现优异，其王牌专业包括机械工程、武器系统与工程、化学工程与工艺、自动化、电子信息工程、材料科学与工程等。此外，南京理工大学还有10个国家一级特色专业，9个国家重点专业，以及江苏省重点学科和工信部重点学科。
南京大学：
南京大学在多个学科领域具有很高的声誉，其王牌专业包括天文学、地质学、图书情报与档案管理、哲学、社会学、中国语言文学、外语、历史学等。此外，南京大学还有20个国家级特色专业和3个江苏省级特色专业。
南京中医药大学：
南京中医药大学是全国最大的中医药大学，拥有中医学、中药学两个国家一级重点学科，多个学科进入ESI全球前1%。其强势专业包括中医学、中药学等。
南京医科大学：
南京医科大学在公共卫生与预防医学领域具有很高的声誉，该专业在软科发布的中国最好学科排名中连续多次排名全国第一。
南京工程学院：
南京工程学院的优势专业包括机械工程、电气工程及其自动化、化学工程与工艺、计算机科学与技术、新能源技术等。学校在科技成果转化和创新创业教育方面也有显著成果。
南京邮电大学：
南京邮电大学以电子信息为特色，王牌专业包括电子信息工程、通信工程等。毕业生的就业前景非常广阔，每年都有大量毕业生被百度、华为等知名企业录用。
南京审计大学：
南京审计大学是唯一一所以“审计”命名的高校，其优势专业包括审计学、财政学、金融学、会计学等。毕业生的就业方向主要集中在会计师事务所和大型企业。
这些大学和专业在各自的领域具有很高的声誉和影响力，建议根据个人兴趣和职业规划选择合适的大学和专业。