河海大学校车制度的缺点主要包括以下几点：
机动性和灵活性差：
校车定时定点发车，导致在教职工和学生需要在不同校区之间快速往来时，校车无法及时满足需求，存在调度不够灵活的问题。
座位不足：
在校车满载教职工后仍有剩余座位的情况下才允许学生买票上车，这可能导致部分学生无法乘坐校车，特别是在高峰期。
调度方案缺陷：
由于校车的调度方案不够完善，导致教职工和学生经常遇到困扰，影响了校车的使用效率和服务质量。
综上所述，河海大学的校车制度在机动性、灵活性以及座位安排等方面存在明显的不足，需要进一步优化和改进，以提高校车的使用效率和服务水平。