东北农业大学设有多个学院，以下是部分学院的列表：
1. 农学院
2. 植物保护学院
3. 园艺园林学院
4. 资源与环境学院
5. 工程学院
6. 水利与土木工程学院
7. 动物科学技术学院
8. 动物医学学院
9. 生命科学学院
10. 食品学院
11. 经济管理学院
12. 文理学院
13. 艺术学院
14. 公共管理与法学院
15. 马克思主义学院
16. 电气与信息学院
17. 国际文化教育学院
此外，东北农业大学还有文学院、历史学院、哲学与公共管理学院、国际关系学院、亚澳商学院、新华国际商学院、外国语学院、广播影视学院、本山艺术学院、化学院、信息学院、数学院、物理学院、环境学院、药学院、轻型产业学院、汉语国际教育学院、成人教育学院/继续教育学院、人文科技学院等学院。
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