重庆医科大学的主要部门包括：
党委教师工作部（人事处）
下设师德师风建设科、师资科、人才工作办公室、博士后管理办公室、劳资科、人事科等。
重庆医科大学图书馆
设有采编部、流通部、期刊部、信息技术部、文献检索教研室（信息管理教研室）暨情报室、缙云校区图书室、馆办公室等实体部门。
虚拟部门包括参考咨询部、科技查新站。
基建处
下设综合科、基建科、造价管理科。
财务处
下设会计核算科、预算管理科、项目经费管理科、资金管理科、综合业务管理科。
学院设置
包括基础医学院、检验医学院、公共卫生学院、药学院、生物医学工程学院、中医药学院、马克思主义学院、外国语学院、医学信息学院、护理学院等。
缙云校区
包含17个院、系、部等教学单位、1个实验教学管理中心、1个临床技能实验教学中心；12个管理部门。
中共重庆医科大学纪律检查委员会、重庆市监委驻重庆医科大学监察专员办公室
合署办公，设立纪检监察室，下设综合科、第一纪检监察科、第二纪检监察科。
党委宣传部
科室设置包括理论教育科、网络舆情科、文化建设与校史研究科、新闻宣传科。
请注意，以上信息可能随时间有所变动，建议以重庆医科大学最新公布的信息为准