大连医科大学设有多个院系，包括但不限于以下几个：
1. 基础医学院
2. 公共卫生学院
3. 检验医学院
4. 口腔医学院
5. 药学院
6. 艺术学院
7. 美容医学院
8. 研究生院
9. 国际教育学院/国际交流合作处
10. 继续教育学院/高职
11. 肿瘤干细胞研究院
12. 医学影像学院
13. 麻醉学系
14. 心理学系
15. 护理学院/附属卫校
16. 生物技术系
17. 针灸推拿系
18. 外语教研部
19. 体育教研部
20. 思想政治理论课教学科研部
21. 中西医结合研究院
22. 大连医科大学中山学院（独立学院）
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