三亚崖州区拥有多所高等教育机构，其中包括但不限于以下几所：
海南大学：
海南省人民政府直属的综合性大学，覆盖多个学科门类。
三亚学院：
由海南省政府和三亚市政府共同举办的全日制普通本科院校，以应用型学科为主。
海南热带海洋学院：
以热带海洋学科为特色，培养高级专门人才。
海南医学院：
以医学教育和研究为主，培养医学、药学等领域人才。
三亚航空旅游职业学院：
以航空旅游专业为主，培养技术应用型人才。
此外，三亚崖州科技城还吸引了包括北京大学、清华大学、南方科技大学、哈尔滨工业大学、上海科技大学等在内的20多所国内外知名高校和研究院所入驻。
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