南京大学拥有多个博士班，涵盖了广泛的学科领域，具体包括：
哲学系：哲学博士点
商学院：理论经济学和应用经济学博士点
马克思主义学院：马克思主义理论博士点
法学院：法学、政治学、社会学博士点
政府管理学院：（未具体提及）
社会学院：（未具体提及）
文学院：中国语言文学和外国语言文学博士点
外国语学院：（未具体提及）
历史学院：考古学、中国史和世界史博士点
理学：数学、物理学、化学、天文学、地理学、大气科学、地质学、生物学、生态学和统计学博士点
工学：光学工程和材料科学与工程等博士点
此外，南京大学还设有多个专业博士学位授权点和专业硕士学位授权点。